Après avoir grandi sur l’île de la Réunion et en Afrique du Sud, Jonathan Rubin étudie à l’École nationale supérieure des beaux-arts de Paris et au San Francisco Art Institute où il réalise ses premiers courts-métrages en 16 mm. Ces premières tentatives de cinéma lui ont permis en 2008 d’intégrer le Fresnoy, Studio national des arts contemporains, et de réaliser à Madagascar un film construit à partir d’un véritable récit d’esclaves naufragés et d’une réplique que Walter Brennan prononça dans le film « Le Port de l’angoisse » (Howard Hawks, 1944). Ce film, « Vous êtes-vous déjà fait piquer par une abeille morte ? », remporta plusieurs prix, dont le Prix Qualité du Centre national du cinéma et de l’image animée.

Entre 2007 et 2010, il collabora avec le peintre Jean-Michel Alberola sur la réalisation des films « Koyamaru », deux longs-métrages documentaires tournés en 16 mm noir & blanc sur une communauté de vieux paysans qui vivent pratiquement en autarcie dans un petit village de montagne au Japon.

En 2011, il participe à l’Atelier Ludwigsburg-Paris, une formation européenne pour jeune producteur organisé par la Fémis en France et la Filmakademie en Allemagne. 

En 2013, il participe au post-diplôme « document et art contemporain » de l’École européenne supérieure de l’image où il travaille sur l’écriture d’« Avenarius Lloyd », un film qui s’inspire des énigmatiques aventures de B. Traven et d’Arthur Cravan. En parallèle de ce projet, il collabore en tant qu’assistant-réalisateur et chargé de production sur divers films de courts-métrages et documentaires de création d’auteurs français et étrangers.